Glavne pristojnosti Agencije so presoja:
omejevalnih sporazumov in podjetij, zlorab prevladujočega položaja podjetij na trgu in skladnosti koncentracij podjetij na trgu in v okviru teh:
- identificiranje, ugotavljanje in sankcioniranje ravnanj, prepovedanih v ZPOmK-2,
- vodenje in odločanje v upravnih postopkih ugotavljanja kršitev prepovedi omejevalnih sporazumov in zlorab prevladujočega položaja,
- vodenje in odločanje v upravnih postopkih presoje skladnosti koncentracij s pravili konkurence,
- administrativno sankcioniranje podjetij zaradi kršitve ZPOmK-2 ter 101. in 102. člena PDEU v skladu z ZPOmK-2,
- vodenje in odločanje v postopkih o prekrških odgovornih oseb zaradi kršitve določb ZPOmK-2 ter 101. in 102. člena PDEU v skladu z Zakonom o prekrških,
- vlaganje tožb pred pristojnim sodiščem za ugotovitev ničnosti sporazumov, ki omejujejo konkurenco, ter ničnost dejanj v zvezi z izvrševanjem koncentracije pred izdajo odločbe,
- dajanje mnenj državnemu zboru in vladi o splošnih vprašanjh iz svoje pristojnosti,
- sodelovanje pri oblikovanju politike konkurence in aktivna vloga v mednarodni skupnosti na področju varstva konkurence, predvsem v okviru sodelovanja z Evropsko komisijo in nacionalnimi organi za varstvo konkurence držav članic Evropske unije,
- prizadevanje za liberalizacijo trga: odpiranje trga konkurenci, zlasti v prometu, energetiki, poštnih storitvah in telekomunikacijah. Številne naštete sektorje so prej obvladovali državni monopolisti, zato je treba liberalizacijo izvesti tako, da ne daje nepoštene prednosti nekdanjim monopolnim podjetjem,
- izgradnja zavesti o pomembnosti učinkovite konkurence na trgih, kar izvaja preko svojih aktivnosti in v sodelovanju z deležniki na nacionalni in mednarodni ravni ter
- spremljanje učinkov na gospodarstvo in trg, ki jih Agencija doseže na osnovi svojih aktivnosti.